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Acetaminophen’s diary

化学に関すること,TeXに関すること,ゆきだるまに関すること。

化学

MOPAC で分子のアニメーションを作成して JSmol で観察する

こちらのメインブログが最近淋しいことになっていたので、サブブログで少しだけ触れた話題をもう少し深めて書いておこうと思い立った*1。 インタラクティブな分子模型をシェアする - アセトアミノフェンの気ままな日常 久々に JavaScript と化学の話題。今回…

XyMTeX の機能を最大限引き出す「正しい利用法」

LaTeX で化学構造式を描画するパッケージとして、藤田眞作氏による XyMTeX が有名である。 XyMTeX 化学構造式描画(藤田氏によるページ) XyMTeX の使い方は公式マニュアル*1に書かれているし、簡単な紹介は TeX Wiki に、また以下のページに使い方の一部が…

「化合物の命名規則」再考 ―絶対立体配置の帰属―

今回は珍しく化学の記事。有機化学を学ぶ人でもおろそかにしがちな「命名規則」に関連した話題を取り上げようと思う。 「絶対立体配置」に関するケムステ記事の補足 10日ほど前にケムステに記事を投稿したところ、予想以上の反響があって、既に 4000PV を超…

TeX/LaTeX の心構え:入門者から上級者まで

今回は、TeX/LaTeX に関わる方すべてに読んでほしい記事です。まだ触れたことがなくてこれから TeX/LaTeX を始める方にとっては必読だと思いますし、そもそも TeX/LaTeX を知らない・使うつもりはないという方にも「これだけは知っておいてもらいたい」こと…

ブラウザで動く便利な化学系ツール

最近、各所で JavaScript を利用して Web ブラウザ上で動くアプリケーションを探索し、こまめに紹介してきた。 化学系でコンピュータを上手に使う Open Babel Webdepict (Emscripten)(作者のブログ) Rasmol.js 2.6.4(作者のブログ) Wikipedia に関連した…

Wikipedia に関連したニュース

今日発見した、Wikipedia 関連の話題を紹介。 1. Wikipedia 日本語版も PDF ダウンロードが可能に 2. Wikipedia から化合物を構造式で検索できるサイト 特に 2 つめは注目! 最近流行りの JavaScript を使用して制作され、substructure や similarity からの…

化学系でコンピュータを上手に使う

ケムステ記事のご案内 ケムステに最近 3 本の記事を投稿した。 分子構造を 3D で観察しよう (1), (2), (3) | Chem-Station (ケムステ) 分子の 3D モデルを Jmol で観察し、それを PDF に埋め込むという手段を、化学系の読者に伝えることが目的*1。僕が以前書…

3D プリンターデビュー!

実は先日、研究室に 3D プリンターがやってきた。 こちらがその CubePro だ。箱の中の右側に見える丸いものが樹脂のカートリッジ。

タンパク精製と特殊組版の「牛耕式」

タイトルからはどんな記事なのか想像がつかないはずなので、まずはタンパク質の例を一つ。見覚えのある方もいるだろう。 この図を見て何のタンパク質かすぐに分かったとすれば、おそらく本当に「分子モーター」に関連する研究分野の方であろう。発表スライド…

ケクレのベンゼン150周年!

前回の2015年最初の記事では「国際光年」に関するサイトをいくつか紹介した。今回はもう一つ、化学の歴史にとって重要な年であるので、もう一本書かずにはいられない。 それはもちろん ケクレがベンゼンの構造式を提唱してから150周年 ということである。 (…

あけましておめでとうございます!

さあ、2015年になった。今年は「国際光年」だ。 国際光年とは | IYL2015-JAPAN International Year of Light - Home 2015年は国際光年! というわけで、現在上野の国立科学博物館で開催中の「ヒカリ展」にも一層多くの方が訪れることだろう! 以前僕のブログ…

化学の歴史:化学構造式の成り立ち(1)

今回からときどき、このブログで「現代化学史」という本に関連した話題を書こうと思っている。 現代化学史: 原子・分子の科学の発展 作者: 廣田襄 出版社/メーカー: 京都大学学術出版会 発売日: 2013/10/03 メディア: 単行本 この商品を含むブログを見る こ…

「化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ」の補足

昨日の補足。この chemobabel.sty は、\smilesobabel だけを定義した smilesobabel.sty というパッケージ(個人的に12月1日から制作開始)をもとに、急遽 Advent Calendar 用に12月4日から本格的に作業を始めたにすぎない。しかも、パッケージを作っていた時…

誰でも簡単! 化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ

これは TeX & LaTeX Advent Calendar 2014 の8日目の記事です。昨日は abenori さんでした。明日は tex-ut-tex さんです。 これは今日の日めくりカレンダー。何もわからない笑(というか合ってる?) 今日8日目はちょうど TeX ユーザの集い 2014 から1か月…

Marvin Sketch で化学構造式を描こう!

以前「化学のおすすめソフト (2014-09-01)」という記事で紹介した構造式描画ソフトの中から、今回は Marvin Sketch について紹介する。Marvin Sketch は Java ベースのソフトウェアで、Marvin Beans というパッケージに含まれている。 Windows (.exe) Macint…

日本語の文書に media9 パッケージでマルチメディア埋め込み

以前の記事を書いた時からの懸念であった「media9 パッケージを使ったソースを platex + dvipdfmx に通す方法」の案を、ここで紹介することに決めた。これまで触れなかったのには理由があるのだが、そうこうしているうちに ZR さんに指摘されてしまった。 mo…

「ヒカリ展」に行ってきた(3)

またまた前回の続き。 蛍光:光による励起と発光(続き) なぜ GFP がノーベル化学賞を受賞したかというのは非常に重要。 オワンクラゲの体内で、緑色蛍光タンパク質 GFP は、カルシウムイオンの濃度に応答して青く光るイクオリンという発光タンパク質と複合…

「ヒカリ展」に行ってきた(2)

前回の続き。国立科学博物館「ヒカリ展」の補足として、今回は化学的側面から。 光と色の関係性 モノの色にはいくつかの原理がある。大きく分けて自ら光る発光と、他からの光を受けて一部を吸収し残りを反射するものがある。 黒体放射:高温のものが出す光 …

「ヒカリ展」に行ってきた(1)

10月末から上野の国立科学博物館で始まっていた「ヒカリ展」に、昨日やっと行ってきた。先週まで TeX ユーザの集いや旅行であわただしかったのでなかなか行けず、ようやくという感じ。 ヒカリ展 光のふしぎ、未知の輝きに迫る! 会期:2014年10月28日(火)~…

PDB ファイルから Discovery Studio でムービー作成

TeX ユーザの集い 2014 の資料作成テクニック第4弾。今回は「化学」の素材として用いた PDB ファイルの簡単な解説と、使用した専門ソフトの機能について。ただし、Windows でのみ使用できるソフトを使用している点については勘弁していただきたい。 Discover…

TeX ユーザの集い 2014 について:化学的補足

TeX ユーザの集い 2014 の資料作成テクニック第2弾。今回は化学の専門知識とソフトウェアについて。 その前に、昨日 (2014-11-10) の朝にケムステで公開した記事*1。既に 1,100 アクセスを突破している。好評いただいているようで嬉しい。 化学を広く伝える…

TeX ユーザの集いに参加!

先日の記事で予告したとおり、TeX ユーザの集い 2014 に参加してきた。今回は名前の割に「TeX」や「LaTeX」をテーマにした講演よりも、「HTML5やCSS」あるいは「Re:VIEW」といった他の規格についての発表が多かった。TeX に関する話でも、LuaTeX-ja における…

化学構造式をTeXで(3):補足事項

追記:新しい記事を書いたので、以下の内容は少々古い。最新はこちら: 誰でも簡単! 化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ (2014-12-08) ただし、ソフトウェアの概要やインストール方法などは以下の内容を参照。 やり残していた Mac での確認を含めて、…

化学構造式をTeXで(2):自動化の注意点と解消法

追記:新しい記事を書いたので、以下の内容は少々古い。最新はこちら: 誰でも簡単! 化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ (2014-12-08) ただし、ソフトウェアの概要やインストール方法などは以下の内容を参照。 前回の続きで、残しておいた「自動実行…

化学構造式をTeXで(1):自動化による簡単生成

追記:新しい記事を書いたので、以下の内容は少々古い。最新はこちら: 誰でも簡単! 化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ (2014-12-08) ただし、ソフトウェアの概要やインストール方法などは以下の内容を参照。 つい先日発見したばかりの「化学構造式…

続・最近の話題

昨日に引き続き、気づいたことのメモ。昨日の化学の話題から一転、今回は言語と文字についての話題が多めになった。 4. Bing が絵文字検索をサポート 5. 日本語の漢字とひらがなの書き分け方 6. 似ている記号の使い分け 7. 東京化学同人の書籍の新刊?

最近の話題とお知らせ

ここ1週間に気づいたことと、やろうとしていることのメモ。 1. 「斜方晶系」が「直方晶系」になっていた! 2. 化学の日と化学週間 3. TeXユーザの集い2014にLTで参加予定

化学のリンク集

普段僕がよく訪れるサイトのリストを、ブログの場で紹介することにした。 僕は身分上日常的に端末を行ったり来たり(Windows と Mac を合わせて4, 5台)するうえ、ブラウザも複数使い分けているため、全環境で個別にブックマークするより、ブログの記事1つの…

「PowerPointやPDFにマルチメディア」の今後

全7回にわたって「PowerPoint や PDF にいろいろなマルチメディアを埋め込む」というテーマで書いてきた。ここですべての記事をダイジェストでまとめるとともに、今後探索すべき課題をまとめておく。 この連載では全てフリーソフトを使用して PowerPoint や …

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(7)

動く 3D 模型の挿入:PDF の場合(TeX 使用)後編3 予定外に回数が増えたが、第7回では前回までに一通りの完成をみた分子模型の埋め込みにとらわれず、より汎用的な方法を探索する。ただし、導入としては(ほかのサンプル 3D データを持っていないので)分子…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(6)

動く3D模型の挿⼊:PDFの場合(TeX使⽤)後編2 実は第5回までの記事は、今回の記事連載にあたり、すでに知っていた方法を W32TeX の最新版で検証してきたものである。しかし、今回の連載を機に他の方法がないかと思って並行して調査も続けていた。そして、つ…

最近の話題3件

最近のニュースを3件。 1. Source Han Sans(源ノ角ゴシック)ver1.001 発表 2. 試薬大手シグマアルドリッチが買収される 3. Nature Communications が Open Access Only に

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(5)

動く 3D 模型の挿⼊:PDF の場合(TeX 使⽤)後編1 今回と次回で計3つの方法を紹介する。僕個人の結論としては、前回説明した PDB ファイルの取り込みが目的なら、次回紹介する【方法3】が最も適していると考えている。 【方法1】MeshLab の使用:PDB から U…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(4)

さて、最後は PDF に動く 3D モデルの挿入だ。前回紹介した PowerPoint による方法と異なり、持ち運び可能な PDF は汎用性があるだろう。 動く 3D 模型の挿入:PDF の場合(TeX 使用)前編 やはり僕がこれを必要とするのは分子模型を表示したいときなので、…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(3)

さて、途中に他の記事を挟んで間延びしてしまったが、引き続き第3回。 前2回分の記事はこちら。 PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(1), (2) (2014-09-13) ここになって気付いたが、タイトルの「いろいろなマルチメディア」が「馬に乗馬す…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(2)

前回からの企画で、今回は動画や音声。 動画や音声の挿入:PowerPoint の場合 これも問題ないだろう。Windows なら挿入リボンで「ビデオ」を選択する。Mac ではホームリボンで「挿入」からムービーを選択するか、単にドラッグアンドドロップでも問題ない。 …

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(1)

今回から数回にわたり、今までに僕が使用したさまざまなソフトウェアの中から、PowerPoint や PDF にマルチメディアを埋め込む機能をもったものをまとめて紹介しようと思う。便利な割には意外とどれもあまり知られていないか、利用者が少ないような気がする…

化学のおすすめソフト

さて、専門の化学に関する記事を。 といっても、まずは PC ツールから。学生であればいろんなソフトが無料で利用できる。スクリーンショットは面倒なのでリンクを付けた公式サイト参照。 構造式を描く ChemSketch Accelrys Draw Marvin Sketch 僕は基本的に…

国立国会図書館に行ってみた

先日、国立国会図書館に行ってきた。公式サイトはこちら↓ 国立国会図書館―National Diet Library 絶版になっていた化学系の本も普通に読むことができた。 行ったことがない読者のために説明しておくと、国立国会図書館は日本の唯一の国立図書館で、日本国内…

TeXを使うべきか、Wordを使うべきか

さて、僕は TeX による組版を使うことがある。一方で、Microsoft Word のようなソフトを使うこともある。でも、実際にはどういう場合にどちらを使うべきか、悩むことが多かった。そこで、理系の有名雑誌の投稿規定を参考に、理系の中でも分野によって論文を …