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Acetaminophen’s diary

化学に関すること、TeXに関すること、ゆきだるまに関すること。

MOPAC で分子のアニメーションを作成して JSmol で観察する

こちらのメインブログが最近淋しいことになっていたので、サブブログで少しだけ触れた話題をもう少し深めて書いておこうと思い立った*1。 インタラクティブな分子模型をシェアする - アセトアミノフェンの気ままな日常 久々に JavaScript と化学の話題。今回…

“回答を得やすい質問” と “良い報告” のコツ — ソフトウェア開発を例に

私は最近「日本語 TeX 開発コミュニティ」などのメーリングリストに参加していますので、ここでは LaTeX を例に説明しますが、これはいかなる技術系コミュニティにも当てはまることだと思います。私なりの「技術系コミュニティへの貢献・レポートのコツ」と…

LaTeX で PDF の一部だけ表示したい(3)

TeX Live 2015 時点での「PDF の BoundingBox」まとめ 第1回・第2回の更新から実に3か月が空いてしまいました… ほかの作業*1に追われておりました。この長いブランク(というより、第1回・第2回の記事を公開した直後の一週間以内)に、この PDF の BoundingB…

LaTeX で PDF の一部だけ表示したい(2)

実際に TeX が使う BoundingBox はどれなのか(続き) 昨日の記事で PDF における正解の BoundingBox とは何かを、ドライバ別に考えていた途中からです。XeLaTeX (+ xdvipdfmx) の場合に「XeLaTeX は CropBox を確保するのに xdvipdfmx が描画するのは後述す…

LaTeX で PDF の一部だけ表示したい(1)

ただいま改訂中です。ところどころ作業に伴いリンク切れや説明不足が生じていますが、ご了承ください…(2015-08-15) LaTeX で graphicx パッケージを使っていて 余白がある PDF ファイルの一部だけ、余白を切り取って表示したい と思ったことはないでしょうか…

TeX2img に学ぶ「画像編集・変換ツール」

今回は、TeX2img の開発サイドにかかわった過程で学んだ“お得情報”の紹介。TeX を使うかどうかに関係なく便利なので、ぜひお試しあれ! Mac のネイティブ環境で動く「X11 非依存 Inkscape ビルド」 Windows 向けの新しい PDF → EMF/BMP/PNG/JPG 変換ツール「…

ブラウザで動く便利な化学系ツール

最近、各所で JavaScript を利用して Web ブラウザ上で動くアプリケーションを探索し、こまめに紹介してきた。 化学系でコンピュータを上手に使う Open Babel Webdepict (Emscripten)(作者のブログ) Rasmol.js 2.6.4(作者のブログ) Wikipedia に関連した…

単位展に行ってきた

今日、おもしろいとうわさの「単位展」に行ってきた。 企画展「単位展 — あれくらい それくらい どれくらい?」 会期:2015年2月20日(金) - 2015年5月31日(日)休館日:火曜日(5月5日は開館)開館時間:11:00 - 20:00(入場は19:30まで)主催:21_21 DES…

Wikipedia に関連したニュース

今日発見した、Wikipedia 関連の話題を紹介。 1. Wikipedia 日本語版も PDF ダウンロードが可能に 2. Wikipedia から化合物を構造式で検索できるサイト 特に 2 つめは注目! 最近流行りの JavaScript を使用して制作され、substructure や similarity からの…

TeX2img (Windows/Mac) の動作の詳細(改訂版)

【最終更新:2015-03-26】この記事は TeX2img の画像変換に関連した処理の解説であり、Windows 版 1.5.0 以降と Mac 版 1.9.2 以降において有効である。以前のバージョンはこちら。(追記:2015-07-20)本日公開の TeX2img for Mac 1.9.4 で若干の変更箇所あ…

化学系でコンピュータを上手に使う

ケムステ記事のご案内 ケムステに最近 3 本の記事を投稿した。 分子構造を 3D で観察しよう (1), (2), (3) | Chem-Station (ケムステ) 分子の 3D モデルを Jmol で観察し、それを PDF に埋め込むという手段を、化学系の読者に伝えることが目的*1。僕が以前書…

TeX2img で任意の TeX エンジンを指定するために

【最終更新 2015-08-23 04:10】TeX ソースの処理スキームおよびその活用法の網羅的解説。Windows 版 1.5.6 と Mac 版 1.9.8 に対応済み(一部のスクリーンショットを除く)。 TeX2img の機能拡張! TeX2img の開発が進み、特に Windows 版 1.4.0 と Mac 版 1…

3D プリンターデビュー!

実は先日、研究室に 3D プリンターがやってきた。 こちらがその CubePro だ。箱の中の右側に見える丸いものが樹脂のカートリッジ。

ヨーロッパの地図をフォントとして出力:CountriesOfEurope

昨日の記事が好評なようなので、もう一つ、ネタパッケージの紹介。ヨーロッパの地図を「フォント」として出力するパッケージ CountriesOfEurope である。 CTAN: Package countriesofeurope パッケージと Type 1 フォントが一緒に配布されていて、TeX Live に…

段落を好きな形に:shapepar で遊ぶ

なんとなく思いつきで、気の利いたメッセージカードを作れそうな LaTeX パッケージを紹介する。shapepar パッケージである。 このパッケージは、文章の段落の形を何かの図柄に整形するという機能を持つ。標準でサポートしている図柄は熊澤先生のページで既に…

PDF を扱うツールいろいろ(2)

今回は PDF の編集を行うツールの紹介。前回は PDF の閲覧と作成だったので GUI ツールを紹介する方針で書いたが、今回は編集(特にファイルの結合・分割・順序変更・回転・抽出・削除、文書のプロパティの編集、パスワードの設定)なので GUI がそれほど重…

PDF を扱うツールいろいろ(1)

自分が PDF を作ったり見たり編集したりする際に、どんなツールを使っているかを片っ端から紹介してみようという企画。主に「フリー」のツールを紹介する。今回は PDF ファイルの作成と閲覧を GUI で行うツールの紹介。 PDF ビューア Adobe Reader 定番の PD…

タンパク精製と特殊組版の「牛耕式」

タイトルからはどんな記事なのか想像がつかないはずなので、まずはタンパク質の例を一つ。見覚えのある方もいるだろう。 この図を見て何のタンパク質かすぐに分かったとすれば、おそらく本当に「分子モーター」に関連する研究分野の方であろう。発表スライド…

TeX2img のすゝめ:詳しい使い方(改訂版)

【最終更新 2015-08-23 04:20】この記事は TeX2img の使い方の網羅的解説であり、Windows 版 1.5.6 と Mac 版 1.9.8 を基準に説明している。以前のバージョンでも参考になりうるが、一部機能は異なる。特に理由がない場合は最新版への更新を強く勧める。以前…

TeX2img のコマンドライン版の使い方(改訂版)

【最終更新 2015-08-23 02:50】Win 1.5.6 および Mac 1.9.8 に対応。この記事は TeX2img のコマンドライン版の使い方を解説したものである。以前のバージョンを解説したアーカイブは別ページに残してある。 このブログではおなじみの TeX2img について、今度…

誰でも簡単! 化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ

これは TeX & LaTeX Advent Calendar 2014 の8日目の記事です。昨日は abenori さんでした。明日は tex-ut-tex さんです。 これは今日の日めくりカレンダー。何もわからない笑(というか合ってる?) 今日8日目はちょうど TeX ユーザの集い 2014 から1か月…

Marvin Sketch で化学構造式を描こう!

以前「化学のおすすめソフト (2014-09-01)」という記事で紹介した構造式描画ソフトの中から、今回は Marvin Sketch について紹介する。Marvin Sketch は Java ベースのソフトウェアで、Marvin Beans というパッケージに含まれている。 Windows (.exe) Macint…

PDB ファイルから Discovery Studio でムービー作成

TeX ユーザの集い 2014 の資料作成テクニック第4弾。今回は「化学」の素材として用いた PDB ファイルの簡単な解説と、使用した専門ソフトの機能について。ただし、Windows でのみ使用できるソフトを使用している点については勘弁していただきたい。 Discover…

マルチメディア:U3D 生成ソフトと ffmpeg の利用

TeX ユーザの集い 2014 の資料作成テクニック第3弾。今回はマルチメディア埋め込みについて。 既にこのブログで7回にわたって「PDFにマルチメディアを埋め込む」というテーマで記事を書いたので、まずはそちらを参照。全体への案内板はこちら。 &amp…

TeX ユーザの集い 2014 について:化学的補足

TeX ユーザの集い 2014 の資料作成テクニック第2弾。今回は化学の専門知識とソフトウェアについて。 その前に、昨日 (2014-11-10) の朝にケムステで公開した記事*1。既に 1,100 アクセスを突破している。好評いただいているようで嬉しい。 化学を広く伝える…

PDF の作り方:pdftk の活用

さてさて、早速 TeX ユーザの集い 2014 の資料作成時に使用したテクニック紹介第1弾。 今回は資料作成の最終段階という肝心な部分で活躍した pdftk の紹介。 pdftk とは? TeX Wiki に記述がほとんどなかったので pdftk のページを作成し、説明を書き加えた…

TeX ユーザの集いに参加!

先日の記事で予告したとおり、TeX ユーザの集い 2014 に参加してきた。今回は名前の割に「TeX」や「LaTeX」をテーマにした講演よりも、「HTML5やCSS」あるいは「Re:VIEW」といった他の規格についての発表が多かった。TeX に関する話でも、LuaTeX-ja における…

化学構造式をTeXで(3):補足事項

追記:新しい記事を書いたので、以下の内容は少々古い。最新はこちら: 誰でも簡単! 化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ (2014-12-08) ただし、ソフトウェアの概要やインストール方法などは以下の内容を参照。 やり残していた Mac での確認を含めて、…

化学構造式をTeXで(2):自動化の注意点と解消法

追記:新しい記事を書いたので、以下の内容は少々古い。最新はこちら: 誰でも簡単! 化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ (2014-12-08) ただし、ソフトウェアの概要やインストール方法などは以下の内容を参照。 前回の続きで、残しておいた「自動実行…

化学構造式をTeXで(1):自動化による簡単生成

追記:新しい記事を書いたので、以下の内容は少々古い。最新はこちら: 誰でも簡単! 化学構造式を LaTeX に取り込むパッケージ (2014-12-08) ただし、ソフトウェアの概要やインストール方法などは以下の内容を参照。 つい先日発見したばかりの「化学構造式…

TeX2img (Windows/Mac) の動作の詳細

重要:以下の内容は古くなっています!(2015-03-26)この記事は Windows 版 1.4.0 と Mac 版 1.8.8 に対応した内容であるが、念のためアーカイブとして残しておく。最新記事はこちら。 【最終更新:2015-02-23】この記事は TeX2img の画像変換処理の解説であ…

APNG についていろいろ調べてみた件

最近発表された iOS 8 では、APNG 画像がサポートされたらしい。 これからは GIF アニメから APNG の時代に! iOS 8でサポートされた APNG 画像を使いこなそう – ICS LAB [iOS 8] Safari 8 で APNG(アニメーション PNG)がサポートされました。 | Develope…

「PowerPointやPDFにマルチメディア」の今後

全7回にわたって「PowerPoint や PDF にいろいろなマルチメディアを埋め込む」というテーマで書いてきた。ここですべての記事をダイジェストでまとめるとともに、今後探索すべき課題をまとめておく。 この連載では全てフリーソフトを使用して PowerPoint や …

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(7)

動く 3D 模型の挿入:PDF の場合(TeX 使用)後編3 予定外に回数が増えたが、第7回では前回までに一通りの完成をみた分子模型の埋め込みにとらわれず、より汎用的な方法を探索する。ただし、導入としては(ほかのサンプル 3D データを持っていないので)分子…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(6)

動く3D模型の挿⼊:PDFの場合(TeX使⽤)後編2 実は第5回までの記事は、今回の記事連載にあたり、すでに知っていた方法を W32TeX の最新版で検証してきたものである。しかし、今回の連載を機に他の方法がないかと思って並行して調査も続けていた。そして、つ…

Tips: フォントの管理について

表題と関係ないが、最近「素数」というキーワードが2回も話題になった。 まず1つ目はスコットランド独立の是非を問う住民投票。 NHK NEWS WEB スコットランド独立住民投票 開票結果 http://t.co/NUdr0q8SL4 うおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおお…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(5)

動く 3D 模型の挿⼊:PDF の場合(TeX 使⽤)後編1 今回と次回で計3つの方法を紹介する。僕個人の結論としては、前回説明した PDB ファイルの取り込みが目的なら、次回紹介する【方法3】が最も適していると考えている。 【方法1】MeshLab の使用:PDB から U…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(4)

さて、最後は PDF に動く 3D モデルの挿入だ。前回紹介した PowerPoint による方法と異なり、持ち運び可能な PDF は汎用性があるだろう。 動く 3D 模型の挿入:PDF の場合(TeX 使用)前編 やはり僕がこれを必要とするのは分子模型を表示したいときなので、…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(3)

さて、途中に他の記事を挟んで間延びしてしまったが、引き続き第3回。 前2回分の記事はこちら。 PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(1), (2) (2014-09-13) ここになって気付いたが、タイトルの「いろいろなマルチメディア」が「馬に乗馬す…

TeX を賢く使いましょう!

ブログを始めてまだ3週間あまりしか経っていないが、このブログの記事が予想以上に好評をいただいているようで、僕も非常に嬉しい。 とりわけ反響が大きかったのが TeX2img に関する以下の2つの記事。 速報:TeX2imgのWindows版、5年ぶりの更新 (2014-09-15)…

PDFのトリミングとベクター画像抽出

上のタイトルからは想像できないかもしれないが、今回は前回(ついさっき)予告した通り TeX2img に関する記事である。 ああ、またか… しかし、ここでこのページから離れるのはまだ早い。TeX に関する(たぶん)全く新しい見方をここで導入する。TeX を全く…

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(2)

前回からの企画で、今回は動画や音声。 動画や音声の挿入:PowerPoint の場合 これも問題ないだろう。Windows なら挿入リボンで「ビデオ」を選択する。Mac ではホームリボンで「挿入」からムービーを選択するか、単にドラッグアンドドロップでも問題ない。 …

PowerPointやPDFにいろいろなマルチメディアを埋め込む(1)

今回から数回にわたり、今までに僕が使用したさまざまなソフトウェアの中から、PowerPoint や PDF にマルチメディアを埋め込む機能をもったものをまとめて紹介しようと思う。便利な割には意外とどれもあまり知られていないか、利用者が少ないような気がする…

化学のおすすめソフト

さて、専門の化学に関する記事を。 といっても、まずは PC ツールから。学生であればいろんなソフトが無料で利用できる。スクリーンショットは面倒なのでリンクを付けた公式サイト参照。 構造式を描く ChemSketch Accelrys Draw Marvin Sketch 僕は基本的に…